После окончании гражданской войны, забыв обиды, протоссы объединились; каста тамплиеров поставила перед собой задачу во что бы то ни стало не допустить появления несогласных с новым режимом. Конклав, представлявший собой совет верховных правителей, запретил входить в пещеры, где Кхасу удалось найти кайдариновые кристаллы. Также протосская верхушка сокрыла от своего народа открытие корабля зел-нага, при помощи которого технологическое развитие Айура стремительно скакнуло вверх. Вся информация о прошедшей эпохе Раздора была помещена в архивы на Закуле, под охрану трех бессмертных хранителей.
Протоссы начали изучать галактику, заселяя такие миры как Кирадор (большинство из нас слышали о втором его названии — Браксис). Активное участие в освоении космоса принимал небезызвестный вершитель Адун.
Через некоторое время протоссы активировали псионную матрицу, с тех пор ставшую неотъемлемой частью их жизни. Именно благодаря ей жители Айура могли передавать огромные объемы энергии на большом расстоянии и даже перемещать свои войска.
После гибели двух материнских кораблей со всем экипажем Великие Хранители протоссов Рохана, Орлана и Шантира создают первый в истории корабль-ковчег, чтобы упредить неизвестные опасности далекого будущего.
В 1500 году Конклав, ведомый Кортанулом, приказал Адуну отыскать и захватить группу ренегатов, скрывавшихся от ока властителей. Однако вершитель не спешил выполнять миссию, вместо этого занявшись обучением изгоев искусству маскировки и обманом Кортанула. Как известно, благими намерениями вымощена дорога в ад — вследствие этих действий Айур стали накрывать мощные псионные штормы. Конклав раскрыл заговорщиков, и лишь самопожертвование Адуна, соединившего энергию Кхалы и Пустоты, помогло изгнанникам, которые с тех поры стали известны как темные тамплиеры, покинуть планету, забрав с собой кристалл Кхалис.
Много лет спустя неразимы осваивают сумеречную планету — Шакурас.
Через год протоссы совершают прорыв в областях разумной робототехники и искусственного интеллекта. Созданы были первые чистильщики.
Настали лучшие времена: Конклав заселил примерно одну восьмую часть всех миров зел-нага, а огромные армады, возглавляемые могучими материнскими кораблями, контролировали немалую часть галактики.
Через некоторое время началось непродолжительное восстание чистильщиков. После этого Конклав посчитал чистильщиков опасными и запретил их. Всех чистильщиков отключили, загрузили в специальное судно «Киброс». Сам корабль находился на орбите Эндиона.